Управлението на националните паркове в България не е ефективно и това създава риск за съхранение на биологичното разнообразие в тях. Констатацията е на Сметната палата на базата на извършен одит. Той е част от съвместен одит за анализ и оценка на резултатите от управлението на защитените територии, които са със статут на национални паркове и са предназначени да съхраняват биологичното разнообразие. В него са включени Върховните одитни институции на Полша, Литва, Дания, Норвегия, Украйна, България и Хърватия.

Направена е оценка за периода 2010-2012 г., както и постигната ли е основната цел за създаването им- опазване на биологичното разнообразие в екосистемите и процесите в тях. В националните паркове на България след 1999 г. се наблюдава намаление на територията им. Най-драстично е то в национален парк „Рила”, където площта е намалена с 24,9%, което е почти една четвърт от територията.

Три са националните паркове на територията на България- „Пирин”, „Рила” и „Централен Балкан”, а общата им площ надхвърля 193 хектара. В нито един от тях не е спазено нормативното изискване за максимално допустима площ на охранителните участъци от 1500 хектара. Освен това създадената организация по планиране, кадрово осигуряване, документиране и отчитане на охранителната дейност не гарантира постоянна охрана и максимално покритие на охранителните участъци. Липсва и финансова оценка за цялостно изпълнение на плановете, която да определи размера на нужните ресурси и източниците за осигуряването им.